สามุตหายตัวไปอย่างลึกลับในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2505 ส่วนใหญ่เชื่อว่าสามุตถูกสังหารโดยตำรวจลับของสีหนุ แต่ก็มีผู้สงสัยว่าเกิดจากการจัดการของพล พตที่ต้องการตำแหน่งสูงขึ้นในพรรค พล พตออกมาปฏิเสธข้อหานี้และกล่าวว่าสามุตซึ่งออกจากบ้านไปซื้อยาให้เด็กที่ป่วยถูกจับโดยคนของลน นลและถูกสังหารในที่สุด."[3] นักประวัติศาสตร์ เบน เคียร์แนนกล่าวว่าเขาพบหลักฐานว่าพล พตมีส่วนเกี่ยวข้องกับการตายของสามุต ในรายงานเกี่ยวกับการกำจัดศัตรูภายใน พบว่า สมเจีย เลขาธิการใหญ่ของจังหวัดกันดาลเป็นผู้ฆ่าสามุต จากนั้นสมเจียถูกกลุ่มของพล พตฆ่าใน พ.ศ. 2505.[4]

หลังการเสียชีวิตของสามุต พล พตขึ้นเป็นผู้นำพรรคคอมมิวนิสต์ใน พ.ศ. 2506 และตัดความสัมพันธ์กับพรรคคอมมิวนิสต์เวียดนาม หันไปรับความช่วยเหลือจากจีนแทน